ناتیلوس، زیردریایی هوشمند کاپیتان نمو با فناوری خارق‌العاده‌اش، بعد از سال‌ها از اعماق اقیانوس بیدار می‌شود.

دو مدرسه‌ی رقیب با هم می‌جنگند و گرفتار دردسری فاجعه‌بار می‌شوند. دردسری که سال اولی‌های مدرسه‌ی هاردینگ پنکرافت را راهیِ مأموریت خطرناکی می‌کند تا راز فناوری قدرتمندی را کشف کنند که می‌تواند جهان را از نو بسازد یا آن را نابود کند.

اما یک روز اژدری سه‌شاخ مدرسه‌ی هاردینگ پنکرافت را می‌فرستد هوا. همه‌چیز زیر سر مدرسه‌ی رقیب است. آنا، آخرین بازمانده‌ی نسل کاپیتان نمو، ابر زیردریایی ناتیلوس را بیدار می‌کند و نبرد بزرگ آغاز می‌شود. مؤسسه‌ی لَند می‌تواند ناتیلوس را از چنگ آنا دربیاورد؟